Neon is een coöperatie met een democratische structuur. Schoolbesturen zijn gezamenlijk eigenaar en bepalen samen de koers. Daarnaast hebben leraren via verschillende organen directe invloed op het beleid.
De Algemene Ledenvergadering is het hoogste besluitorgaan. Hierin zijn alle aangesloten schoolbesturen vertegenwoordigd. De ALV:
Bepaalt de strategische koers van Neon.
Stelt de prioriteiten vast.
Keurt het budget goed en bepaalt de hoogte van de bijdrage.
Heeft het laatste woord over belangrijke besluiten.
De leden komen drie tot vier keer per jaar bij elkaar.
De leden kiezen uit hun midden een Ledenraad die regelmatig samenkomt met het Bestuur. In de Ledenraad zitten tien personen: twee kleine en twee grote po-besturen, twee kleine en twee grote vo-besturen, en twee gecombineerde besturen. De Ledenraad wijst twee van de vijf leden van de Raad van Toezicht aan.
Het Bestuur neemt de dagelijkse operationele beslissingen en voert het beleid uit dat door de Algemene Ledenvergadering is vastgesteld.
De Raad van Toezicht bestaat uit vijf personen:
Twee leden aangewezen door de Ledenraad.
Twee leden aangewezen door de Lerarenraad.
Eén extern lid van buiten het onderwijs.
Deze samenstelling zorgt voor balans: schoolbesturen en leraren hebben elk een even grote stem in het toezicht, aangevuld met een externe blik.
Leraren hebben via de Lerarenraad invloed op het beleid. De Lerarenraad is vertegenwoordigd bij het Bestuur, de Ledenraad en de Raad van Toezicht. Bovendien schrijven leraren als auteurs de methodes zelf.
Naast de coöperatie is er de Open Education Foundation, een ANBI-stichting opgericht door Marten Blankesteijn. Deze stichting houdt de aandelen van Open Education Applications BV, het softwarebedrijf dat het digitale platform voor Neon bouwt.
De constructie werkt als volgt:
De Foundation bezit het softwarebedrijf en waarborgt dat de software altijd beschikbaar blijft voor het onderwijs.
Het softwarebedrijf levert de software aan Neon tegen kostprijs, zonder winstoogmerk.
Neon kan de overeenkomst met het softwarebedrijf altijd opzeggen en krijgt dan een kopie van de software.
De stichting heeft als doel om het platform ook internationaal beschikbaar te maken.